据龙门石窟研究院负责人介绍说，龙门石窟造像面临自然损坏和人为破坏两大因素。自然破坏主要是由于岩体构造等地质原因而造成洞窟和雕刻品大量风化、崩塌和脱落；人为破坏，主要包括历史上的“毁佛灭法”，特别是20世纪初的蓄意盗凿劫掠。
专家介绍说，20世纪初，西方考古学者开始关注和研究龙门、云冈等中国石雕，他们出版书籍，对龙门石刻造像的精美大加赞扬。同时也引发了国内外不法奸商对龙门石刻的觊觎和大肆盗窃。
据专家考证，1907年－1918年是龙门石窟近现代被大规模破坏、盗凿的开始阶段；1918年－1935年间，是龙门石窟有史以来遭劫难最为严重的时期。日本学者关野贞当时两次实地考察龙门后在一本书中写道：“洞窟雕刻的多数佛头，能取下的都被取掉卖给外国人。”
1965年文化部文博研究所同龙门文物保管所联合调查统计，石窟集中的龙门西山被盗痕迹多达78余处。石窟专家王振国在其撰写的《龙门石窟破坏残迹调查》中，进一步核查出破坏最严重的96个窟龛，盗走佛、菩萨等主像262尊，毁坏造像1063尊，龛楣8处，佛雕说法图10幅，礼佛供养人16幅，碑刻题记15品，另有香炉、佛塔、兽头、金翅鸟18个，等等。专家认为，这一报告大体勾勒了龙门石窟被盗凿总数的百分之七十。
从1991年起，龙门石窟研究院着手对流失海外佛雕展开调查，目前已查明70件流失佛雕的下落，分藏在世界各地博物馆、美术馆及私人收藏家手中。专家预测，随着流失文物回归工作的深入开展，会有更多的龙门石窟流失文物再回家园。